1. مجال الوقف.

     - الإدارة العامة للأملاك الوقفية

     - وحدة تنمية أموال الوقف

     - وحدة المشاريع والتعاون الدولي

1. مجال الشؤون الدينية.

     - الإدارة العامة للقرآن الكريم

     - الإدارة العامة للدعوة والإرشاد

     - وحدة التعليم الشرعي

     - الإدارة العامة للمساجد والمديريات

     - الإدارة العامة للحج والعمرة

     - وحدة الشئون المسيحية

2. مجال إدارة الشأن المؤسسي.

     - مكتب الوزير

     - مكتب وكيل الوزارة

     - وحدة التخطيط وتطوير الأداء المؤسسي

     - وحدة الحاسوب وتكنولوجيا المعلومات

     - وحدة الرقابة الداخلية

     - وحدة الشئون القانونية

     - وحدة العلاقات العامة والإعلام

     - الإدارة العامة للشئون الإدارية

     - الإدارة العامة للشئون المالية

     - الإدارة العامة للزكاة والإغاثة